Pohon filogenetik dibuat untuk memvisualisasikan hubungan evolusi diantara berbagai spesies atau benda-benda lain. Pohon filogenetik yang berupa diagram bercabang-cabang ini dapat dikonstruksi berdasarkan kesamaan atau perbedaan sifat fisik atau genetik seperti sekuen DNA, sekuen asam amino (protein), pola pemotongan enzim restriksi, ukuran allel pada analisa microsatellite, dan lain-lain. Dalam artikel ini kita akan membuat pohon filogenetik berdasarkan sekuen DNA gen 16S ribosomal RNA dari bakteri-bakteri.Misalkan kita mengisolasi bakteri-bakteri yang hidup di permukaan kulit kita, misalnya ketiak yang kaya akan bakteri golongan Micrococcaceae, kemudian kita mengisolasi DNA genom bakteri-bakteri tersebut secara langsung dan melakukan amplifikasi PCR untuk gen 16S rRNA menggunakan primer universal.
Produk PCR tersebut diklon ke plasmid dan setiap klon yang tumbuh dianalisa sekuen
DNA insertnya yang notabene adalah sekuen dari gen 16S rRNA bakteri-bakteri yang
hidup di dalam tanah sampel kita tadi.
Untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies bakteri yang hidup di permukaan kulit
tersebut, kita bisa mengkonstruksi pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA mereka.
Sumber: http://sciencebiotech.net/membuat-pohon-filogenetik/#more-1055
